影片讲述了联邦调查局特工李·哈克受命调查一桩悬而未决的连环杀人案件，哈克发现与凶手有私人关系，因此必须在他再次发动袭击之前阻止他。

　　亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

　　三个富裕的女人，包括一个母亲和她的女儿，在哥伦比亚的咖啡三角地区落入了一个十足的男人的手中。