安宁祥和的日本岩手县釜石市，平常百姓过着优哉游哉的生活。可就在2011年3月11日的14点46分，世界地震观测史上最高级别的大地震突然袭来，随之引发的海啸将熟悉的街道淹没，放眼望去一片死寂汪洋。釜石市的另一半躲过灾难，当地一座废弃中学的体育馆被用来临时安放遇难者遗体。泥泞湿滑的体育馆内，原本鲜活的生命气息断绝，专业医生下泉道夫（佐藤浩市 饰）和牙科医生正木明（柳叶敏郎 饰）忍痛做着辨认解剖工作，有的人则被吓得呆若木鸡。曾供职于殡仪馆的退休老人相叶常夫（西田敏行 饰）悲痛交加，死亡已然如此残酷，而逝者躺在冰冷肮脏地板上的场面更令他无法自已。相叶老人自愿担当志愿者，帮助消防队员、政府人员们摆放遗体、安慰家属、祭祀超度。对他来说，他们不是死者，是亟需关爱和尊重的遇难者。　　坎坷泥泞，正是这条通往未来的道路……

　　“TOKYO MER”正式认可半年。为了在全国政令指定城市开展MER，代替离开队伍的音羽（贺来贤人）的第二医生问题让喜多见（铃木亮平）头痛不已。在队伍内希望比奈（中条绫美）升格的声音也提高，不过，音羽断言比奈应该向循环器外科的道前进。比奈也感到压力，烦恼着能不能代替音羽。这时，青户（伊藤淳史）作为支援医生来到MER。青户和音羽一样是厚生劳动省的医科技术官，表面上是作为第二医生候补的派遣，但那里有厚生劳动省方面的想法。　　就在这时，隅田川发生了大型水上巴士和屋形船的碰撞事故。载着很多伤员，失去控制的屋形船暴走了。虽然是赶往现场的MER的成员们，但是因为不能接舷，所以不能进入。并且由于船底内部的燃料泄漏，装载了很多的患者爆炸的可能性被发现！喜多见等人为了救助被遗弃的人们，进行了意料之外的作战。那正是决死的挑战。